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Un attestato rogato il 3 aprile del 1204 conferma che l'arcivescovo di Genova Ottone conferma la donazione del terreno, ponendo così le basi per l'edificazione dell'edificio conventuale. Alla fine dei lavori, intorno al 1206, il monastero viene affidato - come su espressa richiesta delle due donne genovesi - all'ordine cistercense già presente a Tiglieto (Abbazia di Santa Maria alla Croce), a Borzone (Abbazia di Sant'Andrea) e a Genova. Proprio al convento genovese di Santa Maria dello Zerbino verrà dato il ruolo di amministrazione del nuovo monastero che - come afferma un documento del 7 aprile 1206 - risulta essere già abitato da suore.Le monache di clausura cistercensi tengono il monastero per quasi trecento anni, annoverando, fra di loro, suore dal nome illustre, come Carinzia Visconti, nipote di Gregorio X e guadagnandosi fama di operosità e santità. Il monastero ha un notevole sviluppo e nella chiesa è venerata la reliquia di San Biagio, donata alle monache probabilmente da un capitano genovese,al seguito di Gaspare Spinola nella fortunata spedizione del 1380.Nel 1502 ad abitare il convento rimangono solo due suore. Secondo le nuove norme giuridiche - religiose le monache verranno trasferite nei monasteri vicini, poiché tali norme ordinano la soppressione dei monasteri con meno di cinque suore. Dopo un fallito tentativo d'insediamento di monaci cistercensi di Tagliata, il complesso monasteriale viene riabilitato nel 1508 grazie al nuovo inserimento di un gruppo di religiose di clausura dell'Ordine di Santa Chiara.La convivenza delle monache nel monastero è però difficoltosa a causa dell'accentrato isolamento - ancora oggi il complesso è distante alcuni chilometri dal centro storico rapallese - e dalla insalubrità del luogo, tanto è vero che diciassette religiose su ventidue chiedono il trasferimento in altri monasteri.
Inoltre tra i veri decreti emanati dal celebre 
Concilio di Trento diverse norme decretarono la necessità dei conventi di essere il più vicino possibile ai centri abitati, a causa delle sempre più frequenti invasioni e sbarchi di pirati saraceni.
Il monastero, data la sua notevole lontananza dal più vicino centro sicuro, viene pertanto dichiarato soppresso con un breve pontificio di 
papa Gregorio XIII del 9 agosto 1572. Tuttavia alcune monache rifiutano l'allontanamento e solo nel 1573 l'arcivescovo genovese può dichiarare ufficialmente chiuso il monastero.
Le cronache narrano che i beni esistenti furono inventariati e venduti. Il capo di 
san Biagio, veneranda reliquia, ed una tela del Fiasella furono consegnate alla Collegiata di Rapallo.
L'intero complesso monastico e le sue terre vengono vendute nel 
1572 ad un certo Agostino o Nicolò Bardi, per L. 10.155, con l'obbligo della manutenzione della chiesa, dove avrebbe officiato la funzione religiosa un cappellano. Non si conoscono ancora oggi i motivi dell'accentuata decadenza del monastero poiché sia nel 1788che nel 1858 diversi documenti attestano il buon stato di conservazione.
Nel 
1788 è in piedi il maestoso campanile, gran parte della Chiesa e parte, ancora, del chiostro, formato, tutt'attorno al cortile interno, da piccole doppie colonnine di marmo bianco con sopra archi a sesto acuto.
Il Sindaco di 
Rapallo, Ambrogio Tasso, riporta, in uno scritto del 1858, l'ancor discreta conservazione del complesso ed accenna che il chiosco era ancora integro trent'anni prima.
L'incuria delle autorità ed il malvolere degli abitanti aggravarono il disfacimento del monastero, le cui mura sgretolandosi fornirono materiale per la costruzione di case coloniche mentre gli edifici attornianti la chiesa ed il chiostro divennero il focolare ed il ricovero per le famiglie dedite al lavoro dei campi.
Nel 
1903 l'ormai abbandonato monastero viene dichiarato monumento nazionale italiano, portando così i primi veri e concreti restauri dell'immobile - ridotto già un rudere - a cura dell'architetto Alfredo d'Andrade.
Ricostruzioni consistenti si notano nel corpo dell'edificio conventuale attaccato al transetto di destra. Questi interventi devono essere stati attuati nel restauro compiuto dal D'Andrade e, forse, anche l'arcone a sesto acuto della portineria-foresteria, sotto cui passava la mulattiera, che appare in mattoni apocrifi. Buona parte del corpo della portineria-foresteria suddetta appare ricostruito, ma ben ricomposto. Qualche sostituzione di elementi lapidei, abbastanza evidente, si rileva nella parte esistente del corpo della chiesa, soprattutto attorno ad alcune finestre.
Il 26 febbraio 
1955 l'allora ministro per la Pubblica Istruzione Angelo Raffaele Jervolino dichiarò la zona di Valle Christi di notevole interesse pubblico, ai sensi della legge n. 1497 del 29 giugno 1939.
Oggi è teatro di importanti manifestazioni culturali - teatrali, specie nel periodo estivo, ed inserito all'interno del campo da 
golf cittadino.